O Decreto n.º 41744, de 19 de julho de 1958, criou a Escola Industrial e Comercial de Moura que, pelo Decreto-Lei n.º 260-B/75, de 28 de maio, passou a denominar-se Escola Secundária de Moura. A promulgação do Despacho nº 1847/99, de 3 de fevereiro, modificou a denominação da escola para Escola Secundária com 3.º Ciclo do Ensino Básico de Moura. Mais recentemente, o Decreto-Lei n.º 299/2007, de 22 de agosto, veio repor a denominação de Escola Secundária de Moura, designação que é mantida pela Portaria n.º 30/2014, de 5 de fevereiro.
O edifício era uma construção antiga até à intervenção de requalificação promovida pela empresa Parque Escolar.