No ano escolar de 1968/1969 foi iniciada uma nova fase de ensino – O Ciclo Preparatório -, que tinha a duração de dois anos, sem o qual não era permitido aos alunos inscreverem-se na Escola Industrial.
Por não haver edifício próprio, este novo curso funcionou nesta Escola, até que no dia 5/11/1971 transitou para as instalações do Externato Paula Vicente (que havia beneficiado de obras de remodelação e ampliação em 1967/1968), dando origem à Escola Preparatória Frei Baltasar Limpo, um ilustre mourense.

Em 29/11/1979 A Escola Preparatória Frei Baltasar Limpo, passou a designar-se por Escola Preparatória de Moura, através do Diário da República nº 270 – I série, da mesma data.

Em 1980 foi construído o bloco B que passou a ser na altura o bloco mais novo, sendo o bloco A o que já existia e que pertencia ao externato Paula Vicente.

A Escola Preparatória dispunha de dois campos de jogos e um amplo espaço exterior.

Em 1995 um dos campos de jogos ficou reduzido devido à construção de um novo bloco de salas de aula – bloco C. Esta construção esteve associada à colocação do 3º ciclo nesta escola.

A escola passou a designar-se Escola Básica dos 2º e 3º ciclos de Moura, passando em 2012 a ser a escola sede do Agrupamento Vertical das Escolas de Moura, mais tarde Agrupamento de Escola de Moura (de que fazem parte também as escolas do 1º ciclo e Pré-Escolar de Moura, Santo Amador e Sobral da Adiça).

Em 2015 a escola sede passou a designar-se apenas Escola Básica de Moura.

Em 2018 o Agrupamento de Escola de Moura passou a integrar o mega-agrupamento de Moura, com a Escola Secundária de Moura, sendo agora esta a escola sede.