No ano de 1968/1969, foi criado o Ensino Preparatório que funcionou no atual bloco A da Escola Básica de Moura até então ocupado pelo Externato Paula Vicente. A 5/11/1971, este curso transitou para as instalações desse externato, dando-se o aparecimento da Escola Preparatória Frei Baltasar Limpo, um ilustre mourense.

Em 29/11/1979, passou a designar-se por Escola Preparatória de Moura, através do Diário da República nº 270 – I série, da mesma data. Em 1980 foi construído o bloco B e, em 1995, com a colocação do 3º ciclo nesta escola, um dos campos de jogos ficou reduzido devido à construção do bloco C. A escola passou a designar-se Escola Básica dos 2º e 3º ciclos de Moura, passando, em 2012, a ser a escola sede do Agrupamento Vertical das Escolas de Moura, mais tarde Agrupamento de Escolas de Moura, de que faziam parte também as escolas do 1º ciclo e Pré-Escolar de Moura, Santo Amador e Sobral da Adiça.

Em 2015, a escola sede passou a designar-se apenas Escola Básica de Moura e, em 2018, ocorreu a fusão com a Escola Secundária de Moura, dando origem ao atual Agrupamento de Escolas de Moura.